Biochimie et biotechnologies

Molécules biologiques. Visualisation tridimensionnelle par JMOL et RasTop
JMOL و Rastop
معاينة الجزيئات في البعد الثالث بواسطة

L'étude des structures secondaires, tertiaires et quaternaires des molécules biologiques (sucres ou glucides, lipides, acides nucléiques, protéines, enzymes, ..) nécessite l'utilisation de programmes de visualisation des molécules dans l'espace.

Plusieurs programmes peuvent être utilisés dont JMOL et Rastop. Ci contre sont proposées pour étude des molécules de lipides, glucides, protéines, acides nucléiques, coenzymes, vitamines, toxines, enzymes, médicaments et drogues.



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Molécules biologiques. Visualisation par JMOL et Rastop
Visualisation tridimensionnelle par JMOL JMOLمعاينة بواسطة

Toutes les molécules biologiques
Lipides (Acides gras, triglycérides, phospholipides, stérls, ...) Acides gras (Acides gras saturés, insaturés, oméga 6, oméga 3, ...)
Glucides (sucres) (Oses ou sures simples, diholosides, polyholosides, ..) Nucléotides et acides nucléiques (bases azotées, ribonucléotides, désoxyribonucléotides, ADN, ARN, ..)
Enzymes (enzymes comme amylase, neuraminidase, polyphénoloxydase, ..) ADN. Structure tridimensionnelle (ADN simple brin, ADN double brin, ..)
Peptides (dipeptides comme aspartame, peptides: glucagon, ..) ATP. Comparaison aux acides nucléiques (ARN, ADN) (ATP, sources d'énergie comparée à des ribonucléotides (ARN) et désoxyribonucléotides (ADN)
Hémoglobine (désoxygénée, oxygénée) Insuline (insuline humaine et insuline bovine, hormone hypoglycémiantes, ..)
Actine. Complexe avec ATP. Dans la cellule, l'Actine (protéines) existe sous deux formes; 1/ Actine G (Globulaire), monomérique et soluble en solution aqueuse et 2/ Actine F (Filamenteuse) qui est un polymère d'actine G. Transcription. Relation RNA polymerase, ARN, ADN transcrit et ADN non transcrit (ARN polymérase, macromolécule formant un complexe avec ADN et ARN)
Toxine CRY du Bt (protéines toxine de Bacillus thuringiensis) Cholestérol (fait partie des lipides stéroides à ne pas confodre avec 'bon cholestérol' (HDL) et 'mauvais cholestérol (LDL))
Glycolyse. Molécules (glucose, fructose, diphosphoglycérate, pyruvate, ..) Cycle de Krebs. Molécules (Acéthyl-Coenzyme A, oxaloacétate, citrate, ..)
Coenzymes et vitamines (coenzymes en tant que cosubstrats, coenzymes liées, vitamines, ...) Hormone de croissance (hormone de croissance de l'Homme, libre et complexée avec récepteurs)
Neuraminidase (grippe, influenza, ...) Médicaments et drogues (Aspirine, AZT, morphine, Valium, ..)
Acides aminés et protéines (Acides aminés essentiels, protéines, ...) Antioxydants (lien vert biotech-ecolo.net)
Glycéraldéhyde-3-Phosphate Déshydrogénase (GAPDH). Enzyme de la glycolyse et de la néoglucogenèse.

Visualisation tridimensionnelles des molécules biologiques par RasTop معاينة بواسطة 
visualisation des molécules biologiques par  Rastop

Préambule Programme RasTop (aide)
Projets d'étude. Exemples
Hémoglobine Lysozyme
Transaminase Peroxydase

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