Coenzymes - vitamines. Structure JMOL

PALP (Coenzyme transporteur de groupements)

Le phosphate de pyridoxal (PALP) est un coenzyme provenant de la pyridoxine (vitamine B6). C'est un groupement prosthétique. Il intervient au niveau des transaminase dans le transfert de groupement amine sur des cétoacides. Son site réactif est la fonction aldéhyde sur le carbone 4

L'Aspartate aminotransférase catalyse la réaction Aspartate + 2-Oxoglutarate ----> Oxaloacétate + Glutamate. La fonction de l'enzyme dépend du PALP intimement lié à la protéine et se trouvant sous deux formes; le Pyridoxal-5'-Phosphate (PLP) et le Pyridoxamine-5'-Phosphate (PMP). Le PLP a une fonction aldéhyde qui est remplacée par une fonction amine primaire dans le PMP. Le coenzyme est lié à une chaîne latérale de lysine appartenant à l'enzyme (transaminase).
Le cycle catalytique est le suivant:
L-Aspartate+Enzyme<----->Oxaloacétate+Enzyme,PMP
Enzyme,PMP+2-Oxoglutarate<---->L-Glutamate+Enzyme,PLP

Instructions pour la visualisation des molécules par JMOL تعليمات الاستعمال:

JMOL. atomes. Couleurs

1. Choisir la molécule que vous voulez visualiser en la selectionnant dans les liens à droites اختر الجزيئ المراد معاينته

2. Effectuer la ROTATION de la molécule en en pointant sur l'image et en maintenant appuyé le côté gauche de la souris tout en la faisant bouger. تحريك-دوران الجزيئ يتم بالضغط مرتين مع استمرار الضغط فوق الصورة مع تحريك الفأرة

3. Effectuer un ZOOM sur la molecule en maintenant enfoncée la touche shift (Î) du clavier et en tirant en avant et en arrière la sourisتقريب و إبعاد الصورة يتم بالضغط المتواصل على زر شيفت يمين لائحة المفاتح مع تحريك الفأرة

6. Pour savoir plus sur les commandes de visualisation tridimensionnelle des molécules du programme RASMOL s'appliquant aussi sur JMOL: visiter la page: http://www.takween.com/molecules-structure-3D/structures_preambule.html


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Coenzymes et vitamines . Structure tridimensionnelle معاينة مرافقات الأنزيمات و الفيتامينات
Les coenzymes sont indispensables pour l'activité des enzymes. Certaines sont intimement liées à l'apoenzyme (exemple du PALP des transaminases), d'autres jouent le rôle de cosubstrats comme (exemple: NAD, NADP,..). Les coenzymes sont constituées de vitamine (du groupe B, en particulier) ou d'éléments non vitaminiques comme les porphyrines à fer. JMOL permet de visualiser leur structure en 3D. تلعب مرافقات الأنزيمات، و التي ينحدر البعض منها من الفيتامينات، دورا هاما في تحفيز التفاعلات البيوكيميائية Sur la même page: Biotine (Vitamine B8) --- NAD (transport de H+) --- PALP (Transport de groupes Amine) ---		Coenzymes (et vitamines) dans les programmes de l'enseignement secondaire
Les coenzymes sont constituées de vitamines (du groupe B, en particulier) ou de facteurs de croissance. Aussi, elles peuvent être constituées de porphyrines à fer. La plupart des coenzymes possède un ou plusieurs noyaux cycliques ou hétérocycliques (noyaux tétrapyrroliques, pyrimidiques, thiazoliques, purique, ...) et présente une structure fortement conjuguée riche en électrons pi mobiles et à l'origine de leur capacité catalytique. Peroxydases. Exemple d'enzymes à porphyrine à fer Exception faite pour les hydrolase, les enzymes sont formées de deux composantes, en général. 1/ Apoenzyme, de nature protéique et codée par le génome et 2/ Coenzyme, molécule organique non protéique, de taille relativement très faible et thermostable. Il existe une vingtaine de coenzymes pour plus de 2000 enzymes. Exception faite pour les hydrolase, les enzymes sont formées de deux composantes, en général. 1/ Apoenzyme, de nature protéique et codée par le génome et 2/ Coenzyme, molécule organique non protéique, de taille relativement très faible et thermostable. Il existe une vingtaine de coenzymes pour plus de 2000 enzymes. Il existe deux groupes de coenzymes: - Coenzymes en tant que groupements prosthétiques intimement liés à l'apoenzyme (ex: PALP (pyridoxal-phosphate et FAD (Flavine-adénine-dinucléotide)).	Transaminases. Exemple d'enzymes à PALP. - Coenzymes transporteurs (= cosubstrats) qui se dissocient de l'apoenzyme (ex: NAD (nicotine-amide-dinucléotide et ATP (adénosine triphosphate)) Selon leurs fonctions, les coenzymes peuvent être subdivisés en deux groupes: - Coenzymes d'oxydoréduction (transporteurs de H+) comme NAD, NADP, FMN, FAD, Coenzyme Q, ... - Coenzymes de transfert de groupements (acétyl, phosphate, ose, acétate, carboxyle, amine, ...) comme ATP, CTP, GTP, TTP, UTP, Coenzyme A, TPP, lipoate, PALP, Biotine, SAM, ... Exemples de coenzymes et vitamines: - Nicotinamide-adénine-dinucléotide (NAD) d'origine la nicotinamide (vitamine B3 = vitamine PP) - Flavine mononucléotide (FMN) et Flavine-adénine-dinucléotide (FAD, voir cycle de Krebs) d'origine la riboflavine (vitamine B2) - Biotine, transfert du groupement COOH d'origine la vitamine B8 (= vitamine H) - Thiamine-pyrophosphate (TPP), d'origine la thiamine (vitamine B1) - Coenzyme A, transfert des groupements acyl et acétate d'origine l'acide pantothénique (vitamine B5). Le coenzyme A acétylé (Acétyl Coenzyme A) est un acteur dans la décarboxylation du pyruvate dans la matrice mitochondriale (voir cycle de Krebs) - Pyridoxal-phosphate, transfert des groupement aminés d'origine la pyridoxine (vitamine B6) Liste des vitamines du groupe B: - Vitamine B1 = Thiamine - Vitamine B2 = Riboflavine - Vitamine B3 = PP = Nicotinamide - Vitamine B5 = Acide pantothénique - Vitamine B6 = Pyridoxine - Vitamine B8 = H = Biotine - Vitamine B9 = Acide folique - Vitamine 12 = Cyanocobalamine
	Biotine (vitamine B8 = Vitamine H) La biotine est une vitamine hydrosoluble. On la retrouve dans les céréales complètes, le foie, le lait et les oeufs. Elle est synthétisée par les bactéries de la flore intestinale. La biotine est un coenzyme participant au métabolisme des acides gras, des acides aminés et des glucides. Elle intervient dans la synthèse des vitamines B9 (acide folique) et B12 (Cyanocobalamine). La biotine joue un grand rôle dans le transfert du dioxyde de carbone avec plusieurs enzymes de type carboxylase. C'est un transporteur du groupe CO2. Sur les enzymes, elle est liée à une lysine de l'apoenzyme. La biotine est un composé de deux cycles accolés. Le cycle thiolane et le cycle imidazolidin-2-one (dérivé de l'urée). La liaison commune est formée par les carbones 3 et 4 du thiolane. L'acide valérique (acide pantanoïque) substitue le carbone en position 2 du thiolone. Les réactions de carboxylation sont réalisées par l'azote en position 1', car l'autre azote en position 3' subit une gêne stérique par l'acide valérique. la première partie de la réaction de carboxylation en présence de Mg++ est: E-Biotine + ATP + HCO3- <--> E-Biotine-CO2 + ADP + Pi
Avertissement: la visualisation des molecules par JMOL nécessite l'installation de java (http://www.java.com) --- Instructions- تعليمات	NAD+ (Coenzyme d'oxydo-réduction ou transporteur de H+)
Avertissement: la visualisation-des-molecules-par-JMOL nécessite l'installation de java (http://www.java.com) --- Instructions- تعليمات	PALP (Coenzyme transporteur de groupements) Le phosphate de pyridoxal (PALP) est un coenzyme provenant de la pyridoxine (vitamine B6). C'est un groupement prosthétique. Il intervient au niveau des transaminase dans le transfert de groupement amine sur des cétoacides. Son site réactif est la fonction aldéhyde sur le carbone 4 L'Aspartate aminotransférase catalyse la réaction Aspartate + 2-Oxoglutarate ----> Oxaloacétate + Glutamate. La fonction de l'enzyme dépend du PALP intimement lié à la protéine et se trouvant sous deux formes; le Pyridoxal-5'-Phosphate (PLP) et le Pyridoxamine-5'-Phosphate (PMP). Le PLP a une fonction aldéhyde qui est remplacée par une fonction amine primaire dans le PMP. Le coenzyme est lié à une chaîne latérale de lysine appartenant à l'enzyme (transaminase). Le cycle catalytique est le suivant: L-Aspartate+Enzyme<----->Oxaloacétate+Enzyme,PMP Enzyme,PMP+2-Oxoglutarate<---->L-Glutamate+Enzyme,PLP
Instructions pour la visualisation des molécules par JMOL تعليمات الاستعمال: 1. Choisir la molécule que vous voulez visualiser en la selectionnant dans les liens à droites اختر الجزيئ المراد معاينته 2. Effectuer la ROTATION de la molécule en en pointant sur l'image et en maintenant appuyé le côté gauche de la souris tout en la faisant bouger. تحريك-دوران الجزيئ يتم بالضغط مرتين مع استمرار الضغط فوق الصورة مع تحريك الفأرة 3. Effectuer un ZOOM sur la molecule en maintenant enfoncée la touche shift (Î) du clavier et en tirant en avant et en arrière la sourisتقريب و إبعاد الصورة يتم بالضغط المتواصل على زر شيفت يمين لائحة المفاتح مع تحريك الفأرة 4. Pour avoir plus d'information sur la molécule, faite un clic droit par votre souris sur l'image et choisir, entre autres, le STYLE de visualisation. Ex: style -->combinaison--->bâtons. للمعاينة تحت لوالب ألفا و صفائح بيتا، يجب إتباع نقر يمين الفأرة و اختيار -->style-->Combinaison-->Cartoon 5. Lorsque vous cliquez sur un atome de la molécule ses coordonnées (type d'atome, N°,..) s'inscrivent automatiquement sur la barre du bas de la page عند وضع الفأرة فوق درة معينة من الجزيئ يظهر اسمها و رقمها 6. Pour savoir plus sur les commandes de visualisation tridimensionnelle des molécules du programme RASMOL s'appliquant aussi sur JMOL: visiter la page: http://www.takween.com/molecules-structure-3D/structures_preambule.html 7. Pour plus d'information sur JMOL, visiter: www.jmol.org Javascript generated by a java program (Jmol_Web_Page_Maker) on 10 sept. 2007. Original page composed by J. Gutow 7/2006


Coenzymes - vitamines. Structure JMOL

Les coenzymes sont indispensables pour l'activité des enzymes. Certaines sont intimement liées à l'apoenzyme (exemple du PALP des transaminases), d'autres jouent le rôle de cosubstrats comme (exemple: NAD, NADP,..).