Les modifications de la structure des acides gras permettent d'obtenir des lipides bénéfique pour la santé de l'Homme.

L'oléoyl-ACP majoritairement synthétisé est hydrolysé par l'acyl-ACP thioestérase puis estérifié à du coenzyme A, avant d'être transféré du chloroplaste via le cytoplasme dans le réticulum endoplasmique où il va être un composant du pool d'acyl-CoAs. Ce dernier constitue la source de substrats des différentes transacylases qui vont estérifier les différentes positions du squelette glycérol. La composition de ce pool est dépendante de plusieurs enzymes. La spécificité de l'acyl-ACP thioestérase chloroplastique va déterminer la longueur de la chaîne de l'acide gras provenant du chloroplaste. Les différentes désaturases chloroplastique et membranaires vont déterminer la nature, le nombre et la position des désaturations des différents acyl-CoAs. La présence d'hydroxylase, de péroxydase et d'élongase va modifier la longueur et la nature de la chaîne des acyl-CoAs. Enfin, les différentes transacylases vont estérifier, spécifiquement sur une des positions du glycérol, un acide gras donné, augmentant ainsi la diversité des triacylglycérols. Il ressort de cette étude rapide de la voie de la biosynthèse des triacylglycérols qu'un certain nombre d'enzymes apparaissent comme des cibles de choix pour les différentes manipulations génétiques visant à modifier la composition en acides gras des triacylglycérols. Les changements affectant la longueur de chaîne concernent les acyl-ACP thioestérases ou les élongases et l'augmentation du degré d'insaturation des désaturases.
Ces différentes enzymes ont été les cibles des diverses manipulations génétiques effectuées chez les différentes plantes oléagineuses.

Diminution de la longueur de la chaîne carbonée des acides gras

l'enzyme responsable de la longueur de la chaîne carbonée des acides gras est l'acyl-ACP thioestérase (TE). Généralement, cette enzyme est spécifique pour l'oléoyl-ACP et par conséquent, chez la grande majorité des plantes, l'acide généralement libéré par cette enzyme est l'acide oléique, que l'on retrouve majoritairement dans l'huile.
L'acyl-ACP thioestérase de la baie de Californie (Umbelluria californica) dont l'acide gras majoritaire est l'acide laurique (C12 :0), a été purifiée et le gène codant pour cette protéine cloné.