L'un des secrets pour la réussite d'une formation qualifiante est l'utilisation de supports pedagogiques adequats. Pour le marquage biochimique et moleculaire de la diversité genetique tel qu'il se réalise au laboratoire par les Etudiants chercheurs et Enseignant-Chercheurs. Quelques supports pedagogiques (CD, VCD, Cassettes vidéo, polycopiés, tutoriels,...) ont pu être élaborés avec les moyens de bord. Ils concernent en particulier les techniques d'analyse et de séparation en biochimie dont l'electrophorese, la chromatographie,..). Quelques tutoriels sont aussi produits dont la visualisation 3D des molecules,...

1/ELECTROPHORESE DES ISOENZYMES (VCD):

Pour une durée de 20 minutes, ce support illustre toutes les étapes de manipulation en électrophorèse dans des conditions non dénaturantes appliquées à la séparation des isoenzymes (formes une même enzyme catalysant la même reaction).

De la préparation des extraits enzymatiques à la révélation in situ des isoenzymes en passant par la confection des plaques pour le gel de polyacrylamide et le dépôt des échantillons, les différentes étapes sont expliquées en prenant comme exemple d'application une espèce végétale du désert, le palmier dattier (Phoenix dactylifera L.).

2/ELECTROPHORESE DU DNA (VCD):

Pour une durée de 20 minutes, ce support illustre toutes les étapes de manipulation en électrophorèse du DNA. L'exemple d'application porte sur le palmier dattier (Phoenix dactylifera L.). L'acide désoxyribonucléique, objet de la séparation par électrophorèse, correspond à des fragments de DNA réultant d'une amplification aléatoire par PCR (technique RAPD) en utilisant des amorces de 10 nucléotides. Les principales étapes sont:

- Extraction du DNA
- Aplification aléatoire du DNA (RAPD)
- Préparation des gels d'agarose
- Révélation du DNA par le bromure d'éthidium.

3/MARQUAGE BIOCHIMIQUES ET MOLECULAIRE (CD + Clips Vidéo)

Ce support illustre les techniques d'investigation de la diversité génétique des espèces qui utilisent l'électrophorèse comme outil et les enzymes et les acides nucléiques comme source de polymorphisme. Il en résulte un marquage biochimique et moléculaire ('empeintes digitales') permettant d'évaluer la diversité génétique. Les marqueurs sont:

- Isoenzymes
- RFLP
- RAPD (basée sur la PCR)
- AFLP (basée sur la PCR)

Clips video inclus:
- Chromatographie sur papier
- Electrophorese. Extraction des enzymes

- Electrophorese. Confection de gels de polyacrylamide
- Electrophorese. Dépôt des Echantillons
- Electrophorese. Révélation des isoenzymes

4/MOLECULES 3 D. VISUALISATION TRIDIMENSIONNELLES DES MOLECULES (CD)

A l'aide des logiciels RasTop et JMOL incorporés dans ce CD, Ce support permet de visualiser des molécules dans l'espace avec la possibilité de les 'manipuler' (tourner + zoomer). Des exemples d'enzyme et un tutoriel sont inclus. Des tests de connaissances (QCMs) permettent de rappeler les matériaux de base (glucides, lipides, protéines et acides nucléiques). Les molécules objet d'étude sont:

- Acides aminés et Protéines
- Acides gras et Lipides
- Glucides

- Enzymes sous forme complexés avec un liagand (ex. un faux substrat)
- Molécules de la Glycolyse
- Molécules du Cycle de Krebs
- Médicament et drogues

CHROMATOGRAPHIE SUR PAPIER DES ACIDES AMINES (Video: Dépôt de différents acides aminés sur papier, emplacement du support dans la cuve de migration et chromatographie, révélation des acides amines par pulvérisation de la ninhydrine)

CHROMATOGRAPHIE SUR COUCHE MINCE DES LIPIDES (Video: Extraction des lipides du tournesol dans différents solvants, Centrifugation et dépôt sur la plaque de silice, Révélation avec vapeur d'iode )

SPECTROPHOTOMETRIE (Video): Explication de l'absorbance ou Densité Optique (DO) des molécules et Suivi de la méthode de dosage par spectrophotometrie.

ELECTROPHORESE NON DENATURANTE SUR GEL DE POLYACRYLAMIDE (Video: Préparation du support de migration constitué par le gel de polyacrylamide (11%, avec un gel de concentration à 5%), Dépôt des échantillons, Lancement de l'électrophorèse

EXTRACTION ET REVELATION DES ISOENZYMES SEPAREES PAR ELECTROPHORESE SUR GEL DE POLYACRYLAMIDE (Video: Extraction des enzymes (homogéneisation et centrifugation, Révélation des isoenzymes après électrophorèse dans des conditions non dénaturantes)

EXTRACTION DU DNA DE FOLIOLES DE PALMIER DATTIER (Video: homogénéisation du materiel végétal, déproteination, précipitation du DNA par l'alcool,...)

AMPLIFICATION PAR PCR DU DNA DE PALMIER DATTIER (Video: préparation du mélange reactionnel contenant le DNA, l'amorce, la Taq DNA polymerase, les dXTP et les autres réctifs. Il suit la polymerisation du DNA par PCR,....)

ELECTROPHORESE DU DNA. PREPARATION DU GEL D'AGAROSE (Video: Agarose 1% coulée dans un moule pour minigels,...)

ELECTROPHORESE DU DNA SUR GEL D'AGAROSE (Video: Préparation des échantillons, dépôt, migration et révélation par Bromure d'Ethidium, ...)