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Structure 3D de l'hémoglobine (خضاب). Acides aminés
L'hémoglobine
(structure quaternaire alpha 2-Béta 2) tient sa fonction
de transporteur d'oxygène à sa structure, particulièrement
aux acides
aminés de sa structure primère.
9/
Pour mesurer les distance (en A) en tre deux
atomes, il fau activer le bouton de mesure (Monitor)
( 23e. boton de la deuxième rangée de la fenêtre
RasTop). Ensuite, faire un clic sue les deux atomes concernés
par la mesure. On peut effacer cette mesure en faisant clic à
nouveau sur les deux atomes. Ne pas oublier de désactiver
le bouton après les mesures.
D'une
autre manière, on peut saisir la commande 'set
picking monitor' dans la boîte des commandes RasMol
puis appuyer sur les deux atomes impliquées dans la liaison
qui vous interesse. Dans le cas de l'hémoglobine,
on cible l'atome d'azote des côtés des Histidines
les plus proches de L'hème (Histidine proximale
(His92) et Histidine distale (His63).
Ainsi, on note que la distance entre l'Histidine proximale et
la molécule du fer est de 2,26A.
figure 1
Elle
est de 4,22A pour l'Histidine distale. Ceci signifie que His92
(Histidine proximale) est en contact avec le fer, alors qu'entre
His63 (Histidine distale) et le fer existe un espace qui sera
occupé par l'oxygène moléculaire qui réagit
avec l'hémoglobine. On obtient l'mage correspondant
à la figure 1.
6.
Pour sélectionner certains résidus d'acides aminés
(ici, Histidine 92 = résidu His proximal de la chaine), on va
saisir his92B dans le menu 'select atom epression (8e.bouton de la troisième
rangée). On peut aussi saisir dans la boîte des commandes
RasTop 'select his92B' puis 'color black' pour lui affecter une couleur
noire. Sélectionner ensuite la visualisation sous 'Ball &
Stick'. Réutiliser les commandes pour visualiser le résidu
his63 (résidu His distal de la chaîne) et lui affecter
la couleur verte (green) dans un format 'Ball & Stick'.
Remarque: Saisir "select his92" selectionnera les 2 chaînes
béta. Saisir 'select his' selectionnera toutes les His des 4
chaînes.
Pour
éliminer les His des autres chaînes, saisir 'restrict:b'
dans la boîte des commandes. On obtient une image correspondant
à la figure 2
figure
2
figure 2
Cette
interaction peut être représentée autrement
en visualisant L'hème sous format 'spacefill' (Fig.
3).
figure 3
Pour
mieux montrer l'environnement hydrophobique, on peut représenter
les acides aminés non polaires entourant L'hème
sous format spacefill (Fig 4).
figure
4
Vidéo
sur l'Hémoglobine
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