L'hémoglobine (structure quaternaire alpha 2-Béta 2) tient sa fonction de transporteur d'oxygène à sa structure, particulièrement aux acides aminés de sa structure primère.
4 pages: page 1, page 2, page 3 et page 4), les étudiants en Biochimie vont s'initier à la mise en évidence des structures de l'hémoglobine en s'aidant du logiciel de visualisation 3D RasTop (structure Rastop).
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| Hémoglobine | Hemoglobin | خضاب، هيموغلوبين |
| Acides aminés | Aminoacids | أحماض أمينية |
Structure 3D de l'hémoglobine. Acides aminés
خضاب -هيموغلوبين. الأحماض الأمينية
Hemoglobin. Three-dimensional structure of aminoacids
9/ Pour mesurer les distance (en A) en tre deux
atomes, il fau activer le bouton de mesure (Monitor)
( 23e. boton de la deuxième rangée de la fenêtre
RasTop). Ensuite, faire un clic sue les deux atomes concernés
par la mesure. On peut effacer cette mesure en faisant clic à
nouveau sur les deux atomes. Ne pas oublier de désactiver
le bouton après les mesures.
D'une autre manière, on peut saisir la commande 'set picking monitor' dans la boîte des commandes RasMol puis appuyer sur les deux atomes impliquées dans la liaison qui vous interesse. Dans le cas de l'hémoglobine, on cible l'atome d'azote des côtés des Histidines
les plus proches de L'hème (Histidine proximale
(His92) et Histidine distale (His63).
Ainsi, on note que la distance entre l'Histidine proximale et
la molécule du fer est de 2,26A.
figure 1
Elle est de 4,22A pour l'Histidine distale. Ceci signifie que His92 (Histidine proximale) est en contact avec le fer, alors qu'entre His63 (Histidine distale) et le fer existe un espace qui sera occupé par l'oxygène moléculaire qui réagit avec l'hémoglobine. On obtient l'mage correspondant à la figure 1.
10.Pour sélectionner certains résidus d'acides aminés (ici, Histidine 92 = résidu His proximal de la chaine), on va saisir his92B dans le menu 'select atom epression (8e.bouton de la troisième rangée). On peut aussi saisir dans la boîte des commandes RasTop 'select his92B' puis 'color black' pour lui affecter une couleur noire. Sélectionner ensuite la visualisation sous 'Ball & Stick'. Réutiliser les commandes pour visualiser le résidu his63 (résidu His distal de la chaîne) et lui affecter la couleur verte (green) dans un format 'Ball & Stick'.
Remarque: Saisir "select his92" selectionnera les 2 chaînes béta. Saisir 'select his' selectionnera toutes les His des 4 chaînes.
Pour éliminer les His des autres chaînes, saisir 'restrict:b' dans la boîte des commandes. On obtient une image correspondant à la figure 2
figure 2
figure 2
Cette interaction peut être représentée autrement en visualisant L'hème sous format 'spacefill' (Fig. 3).
figure 3
Pour mieux montrer l'environnement hydrophobique, on peut représenter les acides aminés non polaires entourant L'hème sous format spacefill (Fig 4).
figure 4
Hémoglobine. Structure 3D du complexe protéine-ligand (suite)
الهيموغلوبين. ثلاثي الأبعاد للمعقد بروتين ليجند
Vidéo sur l'Hémoglobine (Fr)
Hémoglobine, Page 2
- Hémoglobine, Page 3
- Hémoglobine, Page 4
LIENS UTILES
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Préambule
- Tous les Projets
- Projet 'Hémoglobine' (Tutorial)
- Projet 'Lysozyme'
- Projet 'Transaminases'
- Projet 'Peroxydases'
- Hémoglobine. Structure par JMOL
- Hémoglobine dans les programmes de l'enseignement secondaire
360 pages, 2018, ISBN : 978-9920-35-345-8 + DVD mis à jour + Assistance.
306 pages, 2013, ISBN : 978-99-54-32-663-3 + DVD mis à jour 2018 + Assistance
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