Peptides (oligopeptides, polypeptides)
البيبتيدات

Peptides (oligopeptides, polypeptides)
البيبتيدات

---

Les peptides (البيبتيدات) sont constitués d'un nombre déterminé d'acides aminés liés entre eux par des liaisons peptidiques. On parle de peptides pour les molécules de moins de 100 acides aminés.
Les oligopeptides contiennent un nombre réduit d"acides aminés (deux à une dizaine). Les polypeptides sont formé de quelques dizaines à 100 acides aminés. On parle souvent de protéines lorsque le nombre d'acides aminés dépasse 100.

---

French	English	Arabic
Protéines, Acides aminés	Proteins, amino acids	بروتينات، أحماض أمينية
Peptides	Peptides	البيبتيدات

---

البيبتيدات
Peptides

---

بإمكان الأحماض الأمينية أن ترتبط بعضها بالبعض بروابط كيميائية تساهمية تعرف بالروابط البيبتيدية (Liaisons peptidiques, CO-NH) أو روابط أميد (Liaisons amide) و تجمع مجموعة الكربوكسيل فوق الكاربون ألفا (α) من الحمض الأول مع مجموعة الأمين فوق الكاربون α من الحمض الثاني.

Pour former des peptides ou des protéines, les acides aminés se lient les uns aux autres par des liaisons covalentes appelées liaisons peptidiques ou liaisons amides (acide + alcool), connectant le carboxyle porté par le carbone alpha du premier acide aminé avec le groupement amine fixé sur le carbone alpha du deuxième acide aminé.

تسمى البيبتيدات التي تتكون  من إثنين إلى بعض العشرات من الأحماض الأمينية بالبيبتيدات القليلة (Oligopeptides). و هي لا تنتج عن ترجمة أي ARN_m (أنظر فقرة تعبير الخبر الوراثي). تسمى البيبتيدات وفق نوع و ترتيب الأحماض الأمينية، إذ تبدأ التسمية بالحمض الأميني الطرفي الذي يحتوي على مجموعة أمين طرفية حرة و يضاف المقطع 'إيل' (yl) في نهاية اسم كل حمض أميني ما عدا الحمض الأميني الأخير الذي يضم مجموعة الكربوكسيل. مثلا، لوسيل كليسيل سيستيين (Leu-Gly-Cys).

Les peptides constitués de deux à quelques dizaines d'acides aminés sont appelés 'oligopeptides'. Ces derniers ne résultent pas de la traduction d'ARNm (ARN messager). Ainsi, on trouve des dipeptides (2 acides aminés), tétrapeptides (4 acides aminés) et ainsi de suite. L'écriture du nom d'un peptide commence par l'écriture, en ordre, des noms de tous les acides aminés qui le composent en ajoutant 'yl' après chaque nom et en commençant par l'acide aminé de l'extrêmité N-terminale libre, excepté le nom du dernier acide aminé. Exemple: Leu-Gly-Cys appelé Leucyl-glycyl-cystéine.

عديد البيبتيد (Polypeptide) يتكون من حوالي 30 حتى 100 حمض أميني و هو ينتج عن ترجمة ل ARN_m. أما البروتين (Protéine) فيحتوي على ما فوق 100 حمض أميني. يعد الأنسولين  (Insuline)، هرمون خفض مستوى السكر في الدم و المتكون من 51 حمضا أمينيا، كعديد البيبتيد يتشكل من سلسلتين A و B ب 21 و 30 حمضا أمينيا، بالتتالي

Les polypeptides d'environ 30-100 acides aminés. Ils résultent de la traduction d'ARNm. Les protéines contiennent plus de 100 acides aminés. L'insuline, hormone hypoglycémiante (le manque dans l'organisme donne le diabète), est un polypeptides constitué de 51 acides aminés, répartis sur deux chaînes, A et B avec 21 et 30 acides aminés, respectivement.

---

كيف يحتسب pH_i في البيبتيدات؟.
Comment calculer le pHi des peptides

---

لإحتساب قيمة pH_i لبيبتيد معين، يجب التعرف أولا عن تركبته في الأحماض الأمينية، ثم ترتيب كل مجموعاته التأينية (مجموعة الأمين للطرف الأميني و مجموعة الكربوكسيل للطرف الكربوكسيلي زائد مجموعات R المتأينة لكل الأحماض الأمينية) وفق الحموضة التنازلية (ترتيب تصاعدي لقيم pK). بعد هذا، نكتب معادلات التفكك انطلاقا من أصغر pK. قيمة pH_i للبيبتيد تساوي معدل قيمتي pK للشكلين من الحمض الأميني اللذين يحيطا الشكل ذو الشحنة الكهربائية المساوية للصفر (A⁺). لنعتبر بيبتيد P المكون من ثمانية أحماض أمينية (أنظر الرسم التالي). عند pH = 1، يظهر البيبتيد 5 مجموعات متأينة حاملة، كلها، لبروتون H⁺، إذ يأخد البيبتيد شكلP²⁺. الشكل التأينيP^2+2- للبيبتيد (يظهر مع pH_i) و يحيط به pk₃ و pK₂. هكذا يكون pH_i هو معدل pK₂ و pk₃.

Pour calculer le pHi d'un peptide donné (ici un octapeptide), il faut d'abord connaître sa composition en acides aminés.On commenc à classer les groupements ionisables du peptides (Amine terminal, carboxyl terminal, radicaux R des différents acides aminés) par ordre décroissant de leur acidité (= ordre croissant des valeurs des pK) et on écrit les équilibres de dissociation en commençant par le pK le plus faible (groupements se dissociant le premier). La valeur du pHi du peptide est la moyenne des pK qui entourent la forme du peptide à charge électrique nulle (P 2+, 2-, ici). Dans cet exemple, pHi = (pK2 + pK3)/2. (voir Ionisation des acides aminés, texte Ar)
Plus d'information dans le livre 'Sciences de la vie-Biochimie

---

تطبيقات لمفهوم pH_i في ترسب البروتينات كتقنية للفرز و التحليل في البيوكيمياء
Application du pHi dans la précipitation des protéines comme technique de séparation et d'analyse en biochimie

---

إذا وضع بروتين ما في محلول ذو pH أصغر أو أكبر من pH_i للبروتين، سيأخد شكل أيونين بشحنات كهربائية موجبة (+) و سالبة (-)، بالتتالي. في كلتا الحالتين، تتنافر إيونات البروتين فيما بينها، حيث يبقى البروتين ذائبا في المحلول المعين. في حالة تساوي pH المحلول و pH_i للبروتين، يحدث تجاذب بين الأيونات، نظرا لاحتوائهم عن شحنات موجبة و سالبة، في نفس الوقت، و يقع ترسب البروتين (أنظر الرسم التالي).

---

---

تطبيقات لمفهوم pH_i في ترسب البروتينات كتقنية للفرز و التحليل في البيوكيمياء
Application du pHi (suite)

هناك عدة تطبيقات لترسب البروتين عند pH_i في ميدان تصفية و عزل البروتينات، من بينها، عزل بروتين الكازين (caséine) من الحليب أثناء صناعة الأجبان. يتميز الحليب، بقيم pH تنحصر بين 6,4 و 6,8، تقريبا. يوجد بروتين الكازين ذو pH_i 4,6، في شكل جزيئات سالبة الشحنة الكهربائية تتدافع بينها. عند ارتفاع حموضة الحليب إلى pH_i 4,6، يترسب الكازين و ينفصل عن مصل الحليب (lactosérum). تسمى هذه العملية 'تخثر الحليب' (coagulation du lait). قد تنتج حموضة الحليب طبيعيا عن التخمر اللبني لسكر اللاكتوز (lactose) الموجود أصلا في الحليب. كما يمكن الحصول عنها بإضافة قطرات من حمض الخليك (acide acétique) أو الخل (vinaigre) للحليب المسخن تحت حرارة تقارب 40°C.

---

Précipitation des protéines du lait par acidification (application de la notion de pHi). TP S3

Les protéines du lait sont constituées en majorité de caséine qui a un pHi acide de l'ordre de 4,6. Pour séparer les protéines du lactosérum (contenant le lactose), on utilise la précipitation au pHi, sujet du TP S3.
- Mettre 16 ml de lait dans une éprouvette graduée
- Compléter à 20 ml en ajoutant de l'eau distillée.
- Verser la solution (volume total = 20 ml) dans un becher.
- Plonger l'électrode du pH mètre dans la solution de lait.
- Démarrer l'agitation magnétique.
- A l'aide d'une pipette ajouter goutte à goutte l'acide H2SO4 0,5 N jusqu'au pH 4,6.
- Arrêter l'agitation dès que le précipité apparait
puis laisser décanter 15 minutes.
Question: Commenter, où trouve-t-on une application de cette propriété des caséines du lait ?
Complément: La coagulation du lait peut provenir de la formation d'acide lactique par fermentation lactique. La fabrication des fromage comporte 3 étapes: 1/ Coagulation de la caséine, 2/ Egouttage (exsudation du Lactosérum) et 3/ Affinage (addition de sel et développement d'arômes par les microorganismes).
Détails (Ar) dans Livre + DVD 'Protéines et Enzymes', Baaziz 2014

---

VIDEOS

---

Aspartame, vidéo narration en Français, sous-titrage en Arabe

- Sweet and bitter amino acids. A biochemical based explanation (video in English):

---

LIENS UTILES

---

- Peptides. Structure 3D
- Acides aminés dicarboxyliques (أحماض أمينية ثنائية الكاربوكسيل)
- Acides aminés soufrés (أحماض أمينية مكبرتة)
- Acides aminés à chaîne hydrocarbonnée (أحماض أمينية بسلسلة هيدروكربونية)
- Acides aminés hydroxylés (أحماض أمينية هيدروكسيلية)
- Acides aminés basiques (أحماض أمينية قاعدية)
- Acides aminés cycliques (أحماض أمينية حلقية)
- Ionisation des acides aminés. Exercices
- Peptides. Exercices
- Acides aminés en 3D
- QCM-protéines 1
- QCM-protéines 2
- Transcription
- Traduction du mRNA en protéines
- Séquençage des protéines. Exercices

---

PASSER UN CONTROLE QCM SUR L'IONISATION DES ACIDES AMINES (THEORIE + PRATIQUE)

---

- تحميل ملفات في مواضيع البيوكيمياء
Téléchargement de fichiers en Biochimie