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Réponses brèves -- Revenir au contrôle 2008

Question 1: Les bandes visibles sur l'autoradiogramme représentent l'emplacement des fragments d'ADN complémentaires à l'ADN matrice et synthétisés par la DNA polymérase en présence de quatre désoxyribonucléotides (dATP, dCTP, dGTP, dTTP) auxquels sont ajoutés de faibles concentrations de l'un des quatre didésoxyribonucléotides (ddATP, ddCTP, ddGTP ou ddTTP). Le marquage radioactif (32P) porte sur le phosphore de l'amorce

Le principe du séquençage de l'ADN par la méthode de Sanger, consiste à initier la polymérisation de l'ADN à l'aide d'un petit oligonucléotide (amorce) complémentaire à une partie du fragment d'ADN à séquence (matrice)r. L'élongation de l'amorce est réalisée par le fragment de Klenow (une ADN polymérase I dépourvue d'activité exonucléase 5'->3') ou une ADN polymérase thermostable utilisée pour la PCR. Les quatre désoxyribonucléotides (dATP, dCTP, dGTP, dTTP) sont ajoutés, ainsi qu'une faible concentration de l'un des quatre didésoxyribonucléotides (ddATP, ddCTP, ddGTP ou ddTTP)

Question 2: La différence entre le ddATP et le dATP se situe au niveau d'un manque de OH sur le carbone 3' du désoxyribose du ddATP ('faux nucléotide' non reconnu par la DNA polymérase, la polymérisation s'arrête dès qh'elle bute contre le didésoxyribonucléotide).

Question 3: Dans la réaction contenant du ddATP, les points communs (identiques) entre les différents produits de la réaction sont le port d'une extrémité à ddATP non reconnu par la DNA polymérase.

Question 4: Les points communs entre l'ensemble des produits obtenus au niveau des quatre réactions, mise à part la complémentarité avec le brin matrice, sont: 1/ la terminaison des fragments d'ADN synthétisé par l'un des quatre didésoxyribonucléotides (ddATP, ddCTP, ddGTP ou ddTTP), 2/ Tous les produitd sont prteurs de la radioactivité 32P.

Question 5: La séquence nucléotidique du brin matrice correspondant au DNA X est:

- Séquence néosynthétiséé: lecture du bas du gel (extrémité 5') vers le haut (extrémité 3'): 5'TAGCGATGCTTCAATGCTATCCGTCAGCC3'

- Séquence recherchée: 3'ATCGCTACGAAGTTACGATAGGCAGTCGG5'

soit: 5' GGCTGACGGATAGCATTGAAGCATCGCTA3'

Question 6: Pourcentage en G + C du DNA X: 51,7%

Question 7: L'augmentation de l'absorbance à 260 nm en présence du chaffage représente l'effet hyperchrome ou hyperchromicité et correspond à la dénaturation de l'ADN par altération de la structure secondaire (les liaisons hydrogène entre les bases sont coupées, ...). La température correspondante à l'augmentation de la densité optique à 260 nm est la température de fusion (Tm) de l'ADN

Question 8: Connaissant la Tm du poly-dAT (63,3°C) et du poly-dGC (110°C), pouvez- Prédiction de la Tm du DNA L: environ 87,5°C

Question 9: La valeur Tm du DNA L représente au niveau structural la richesse en CG. Plus un ADN est riche en CG, plus sa Tm est élevée. En effet, il y'a 3 liaisons hydrogène en C et G et uniquement 2 liaisons hydrogène entre A et T.

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