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ADN, DNA

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Biologie moléculaire (ADN purification, ADN électrophorèse). Examen)
امتحان في البيولوجيا الجزيئية

Les travaux pratiques de Biologie moléculaire, filière sciences de la vie, semestre 5 (S5) couvrent la purification de l'ADN des plantes, son analyse par spectrophotométrie et éléctrophorèse.

تغطي الأشغال التطبيقية في البيولوجيا الجزيئية، قطاع علوم الحياة، الفصل الدراسي الخامس، تنقية الحمض النووي (دنا DNA) للنبات، وتحليله عن طريق القياس الطيفي والرحلان الكهربائي (كهرتهجير).


ENONCE DE L'EXAMEN DE BIOLOGIE MOLECULAIRE (ADN purification, ADN électrophorèse)

MODULE BIOLOGIE MOLECULAIRE.
Contrôle de Travaux Pratiques, Durée: 40 min
Sujets: ADN purification, ADN électrophorèse

La purification de l'ADN d'une plante a été réalisée à partir de 0,25 g de matériel végétal en suivant 5 protocoles différents (P1, P2, P3, P4 et P5) utilisant le CTAB (bromure d'hexadécyltriméthylammonium) inclus dans un tampon d'extraction de pH basique contenant le sel NaCl 1,4 M, en plus d'autres constituants. L'ADN final a été repris dans 90 µL d'eau. Afin d'analyser l'ADN par spectrophotométrie, ce dernier a subi une dilution au 1/86 donnant. Les absorbances des différents ADN à 260 nm, 280 nm et 230 nm obtenues pour les 5 protocoles (P1 à P5) sont résumés dans le tableau suivant.

ADN purification

Une électrophorèse préliminaire des différents extraits d'ADN, a été réalisée sur gel d'agarose 1%, pour s'assurer de la qualité de l'ADN purifié selon les 5 protocoles. Après révélation du gel, l'électrophorégramme suivant a été obtenu.

ADN électrophorèse


A l'aide du tableau des DO, répondez aux questions suivantes (note/4)
- 1/ Le(s) protocole(s) convenable(s) pour la purification de l'ADN de cette plante est(sont): [......] (choix: P1; P2; P3; P4; P5; P2+P3).
- 2/ Le(s) protocole(s) donnant l'ADN contaminé par les phénols est (sont): [......] (choix: P1; P2; P3; P4; P5; P1+P4; P2+P3+P5; P1+P2+P3).
- 3/ Le(s) protocole(s) donnant l'ADN contaminé par les protéines est (sont): [......] (choix: P1; P2; P3; P4; P5; P1+P4; P1+P2+P3, P2+P3+P5).
- 4/ La quantité d'ADN double brin (en microgramme par gramme de matière fraîche) extraite à partir de la plante par le protocole de purification P1 (DO 260 = 1 correspond à 50 ng/microlitre) est: [......] (choix: 390,6; 495,36; 595,12; 602,41; 780,75; 830,17; 900,35; 995,12; 1006,24).
En s'aidant par l'éléctrophorégramme, répondez aux questions suivantes : note/6
- 5/ Le(s) protocole(s) donnant l'ADN partiellement hydrolysé est (sont): [.......] (choix: P1; P2; P3; P4; P5; P1+P4; P1+P2+P3; P1+P3).
- 6/ Le(s) protocole(s) donnant l'ADN totalement hydrolysé est (sont): [........] (choix: P1; P2; P3; P4; P5; P1+P4; P1+P2+P3; P1+P3).
Le(s) protocole(s) donnant l'ADN non hydrolysé est (sont): : [.......] (choix: P1; P2; P3; P4; P5; P1+P4; P4+P5; P1+P3).
- 7/ Le(s) protocole(s) donnant l'ADN contaminé par l'ARN est (sont): [......] (choix: P1; P2; P3; P4; P5; P1+P4; P3+P5; P4+P5; P1+P3).
- 8/ Le(s) protocole(s) nécessitant l'ajout de plus de EDTA est (sont) [......] (choix: P1; P2; P3; P4; P5; P1+P4; P3+P5; P4+P2+P5; P1+P2+P3)
- 9/ Le(s) protocole(s) nécessitant l'ajout de RNase est (sont): [......] (choix: P1; P2; P3; P4; P5; P1+P4; P3+P5; P4+P2+P5; P1+P2+P3).



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Questions générales sur la purification de l'ADN et son analyse par électrophorèse (note/6 points).
- 10/ A l'aide de la figure ci-contre, l'ordre logique des étapes simulées (1 à 6) du protocole de purification de l'ADN est: [............] (choix: 6+5+1+3+2; 6+4+7+1+3+2; 6+7+1+3+5+2; 6+4+1+2+3; 6+4+1+3+2; 6+5+1+2+3; 6+1+3+4+2).

ADN

- 11/ La qualité d'une bonne purification de l'ADN est: [..................] (choix: ADN INTACT; ADN SANS PROTEINES; ADN INTACT SANS PROTEINES).
- 12/ Un ADN de grand taille est mieux séparé par électrophorèse sur gel d'agarose de concentration: [......] (choix: 0,7; 1,5; 2; 2,5; 3).
- 13/ Après électrophorèse sur gel d'agarose, l'ADN est mis en évidence par: [.........] (choix: : BLEU DE BROMOPHENOL; ORANGE G; XYLENE CYANOL; BET; TBE).
- 14/ La séparation par électrophorèse sur gel d'agarose, d'un ADN circulaire (plasmide) tient compte du (des) critère(s) suivant(s): [...............] (choix: CHARGE ELECTRIQUE; FORME; TAILLE; TAILLE+CHARGE; TAILLE+FORME)
- 15/ La séparation par électrophorèse sur gel d'agarose, d'un ADN linéaire tient compte du (des) critère(s) suivant(s): [........] (choix: CHARGE ELECTRIQUE; FORME; TAILLE; TAILLE+CHARGE; TAILLE+FORME).


CORRECTIONS. EXEMPLE

Réponse à la question 3. Le(s) protocole(s) donnant l'ADN contaminé par les protéines est (sont): protocole P2 car le rapport DO260/DO280 est inférieur à 1,7
Réponse à la question 4.Calcul de la quantité d'ADN double brin (en microgramme par gramme de matière fraîche) extraite à partir de la plante par le protocole de purification P1: DO à 260 = 0,32 ---- x ng/µL DO = 1 --- 50 ng/µL d'où x= 50 x 0,32 = 16 ng/µL. Considérant la lilution 86x, la concentration d'ADN est 16 x 86 ng/µL = 1376 ng/µL. Quantité d'ADN dans 90 µL: 1376 x 90 = 123840 ng ou 123,840 µg dans 0.25 g de matière fraiche, soit 495,36 µg/g de matière fraîche.

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LIENS UTILES

- Biologie moléculaire. Examen Travaux pratique, Archives
- Biologie moléculaire. Examen écrit S4 (2011)
- Electrophorèse. QCM
- Acides nucléiques. Contrôle écrit S4
- Extraction, purification et électrophorèse de d'ADN de plantes. TP S4
- DNA electrophoresis on agarose gel
- Protocole de purification de l'ADN. TP S4
- QCM purification ADN des plantes (TP S4)
- Purification, analyse DNA du plasmide. Contrôle TP 2015
- Biologie moléculaire. Examen TP S5 2016
- Biologie Moléculaire. Examen (Contrôle) TP 2018-19


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