biochimie. glucides, lipides, acides nucléique, protéines


Biochimie. Visualisation tridimensionnelle des molécules (glucides, lipides, acides nucléique, protéines)
معاينة ثلاثية البعد لجزيئات البيوكيمياء

Biochimie. Visualisation tridimensionnelle des molécules (glucides, lipides, acides nucléique, protéines)
معاينة ثلاثية البعد لجزيئات البيوكيمياء


En biochimie, la visualisation des molécules dans l'espace (structure tridimensionnelle) permet de se rapprocher de la conception réelle des molécules. L'utilisation de JMOL permet d'atteindre cet objectif.
Les principales molécules de base de la biochimie appartiennent aux acides nucleiques, glucides, lidides et Protéines. D'autres petites molécules actives sur le fonctionnement de notre organisme peuvent être comparées quant à leurs structures chimiques. Il peut s'agir, entre autres, des médicaments et des drogues.


اختلافا عن الكيمياء التي تهتم بالجزيئات الصغيرة، يتناول تخصص البيوكيمياء (الكيمياء الأحيائية) الجزيئات الكبيرة الحجم أو مكروجزيئات (Macromolécules) و التي لا يمكن أبدا معاينة بنيتها الثلاثية بدون استعمال برامج الكمبيوتر للرئية في البعد الثالث (Troisième dimension, 3D). هكذا، تظهر البنية الثلاثية للإنزيمات جوانب ارتباطها الدقيق بمواد التفاعل من خلال الموقع النشيط الذي تشكله بعض الأحماض الأمينية المتباعدة في البنية الأولية لبروتين الإنزيم. حتى يمكن القيام بمعاينة البنية الثلاثية، يجب أولا تنقية الجزيئ ثم إخضاعه للبلورة (Cristallisation) قبل دراسته بانحراف الأشعة السينية (Diffraction aux rayons X).
المزيد من المعلومات في كتاب علوم الحياة - بيوكيمياء

Glucides (Sucres) السكريات


Ici l'exemple d'un sucre simple (ose) très connu, le Glucose. Il est l'objet de la glycémie. En rouge: oxygène (O), blanc: hydrogène (H), noir: carbone (C).


Les sucres ou glucides sont des molecules organiques à plusieurs atomes de carbone porteurs de fonctions alcool (OH), aldéhyde ou cétone et parfois amine ou acide. Les glucides jouent un rôle energétique (les calories apportées par l'alimentation humaine provient à 40%-50% des glucides).Ils ont aussi un rôle structural (paroi cellulaire, cellulose, réserves, composantes dans les acides nucléiques,...) (Glucides-Matériaux).
Autres informations:
- Glucides en 3D(Sucres) السكريات
- Métabolisme des sucres


Acides nucléiques (ADN, ARN) الأحماض النووية


Ici l'exemple d'un nucléotide simple (dATP constituant de l'ADN). En rouge: oxygène (O), bleu: azote (N), orange: phosphore (P), blanc: hydrogène (H), noir: carbone (C).


Les acides nucleiques constituent les support de l'information génétique. sont formés de nucléotides, constitués, eux même, d'une des 5 bases azotées (A, T, C, G et U), d'un sucre à 5 carbones ou pentose (ribose ou désoxyribose) et phosphate (sous forme triphosphate (nucléotide libre) ou monophosphate (nucléotide incorporé). L'Acide Déoxyribonucléiques (ADN, DNA) contenant les nucléotides à bases A, C, G et T et un sucre sous forme désoxyribose, 2) l'Acide Ribonucléique (ARN, RNA) constitué de nucléotides contenant les bases A, C, G et U et du ribose comme sucre pentose (à 5 C).
Plus de détail dans la page:
- Acides nucléique (DNA, RNA) الأحماض النووية
- Acide Déoxyribonucléiques (ADN, DNA)


Protéines البروتينات


Ici l'exemple d'un peptide simple (Glucagon: hormone constituée de 29 acides aminés). En rouge: oxygène (O),bleu: azote (N), jaune: soufre (S), blanc: hydrogène (H), noir: carbone (C).

Coloration تلوين

Les Protéines sont constituées d'un enchaînement d'acides aminés أحماض أمينية. Les acides aminés (AA) peuvent être subdivisés en AA apolaires (9 AA) et en AA polaires (11 AA). Les protéines jouent un rôle important au niveau des membranes (PAM) et du métabolisme (enzymes).
Autres détails:
- Protéines et enzymes بروتينات و إنزيمات


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Lipides الدهنيات


Ici l'exemple d'un acide gras simple (constituants des lipides). En rouge: oxygène (O), blanc: hydrogène (H), noir: carbone (C).


Les lipides sont constitués essentiellement d'acides gras. Les acides gras naturels possèdent une chaîne carbonnée de 4 à 28 atome de carbone (nombre pair en général). La nouvelle dénomination pour les AG poly-insaturés est basée sur la place de la première double liaison par rapport au CH3 terminal (en oméga (w)). Les lipides, matériaux de base pour la cellule, peuvent être distingués selon 3 grandes catégories: Triglycerides, Phospholipides et stéroïdes.
liens: - Membrane-QCM.
- Matériaux exercice).
- Lipides الدهنيات 3D


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VISUALISATION 3D D'AUTRES MOLECULES: - Médicaments et drogues أدوية، عقاقير
- Coenzymes, vitamines مرافقات الإنزيمات و فيتامينات
- Molécules de la Glycolyse جزيئات هدم الجلوكوز
- Molécules du Cycle de Krebs جزيئات حلقة كريبس
- Insuline أنسولين
- Hormone de croissance هرمون النمو
- Toxine Cry du Bt سم
- JMOL, Rastop:معاينة جميع الجزيئات ب - Visual comparison of different species of molecules in biochemistry
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livre 'Sciences de la vie. Protéines et Enzymes', Baaziz 2013, 306 pages, ISBN : 978-99-54-32-663-3
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Sciences de la vie. Protéines et Enzymes

sucres
Livre 'Structures et Métabolisme des sucres', M. Baaziz, 2018, 360 pages, 2018, ISBN : 978-9920-35-345-8 + DVD mis à jour + Assistance.
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