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Structure 3D de l'hémoglobine (خضاب). Acides aminés


L'hémoglobine (structure quaternaire alpha 2-Béta 2) tient sa fonction de transporteur d'oxygène à sa structure, particulièrement aux acides aminés de sa structure primère.


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Hémoglobine
Hemoglobin
 خضاب، هيموغلوبين
Hème
Heme
يحمور، هيم

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- Préambule
----> LIENS UTILES

----> VIDEO DE L'HEMOGLOBINE (Fr)


9/ Pour mesurer les distance (en A) en tre deux atomes, il fau activer le bouton de mesure (Monitor) ( 23e. boton de la deuxième rangée de la fenêtre RasTop). Ensuite, faire un clic sue les deux atomes concernés par la mesure. On peut effacer cette mesure en faisant clic à nouveau sur les deux atomes. Ne pas oublier de désactiver le bouton après les mesures.

D'une autre manière, on peut saisir la commande  'set picking monitor' dans la boîte des commandes RasMol puis appuyer sur les deux atomes impliquées dans la liaison qui vous interesse.  Dans le cas de l'hémoglobine, on cible l'atome d'azote des côtés des Histidines les plus proches de L'hème (Histidine proximale (His92) et Histidine distale (His63).
Ainsi, on note que la distance entre l'Histidine proximale et la molécule du fer est de 2,26A.

Hémoglobine. Acides aminés du site actif

figure 1

 

Elle est de 4,22A pour l'Histidine distale. Ceci signifie que His92 (Histidine proximale) est en contact avec le fer, alors qu'entre His63 (Histidine distale) et le fer existe un espace qui sera occupé par l'oxygène moléculaire qui réagit avec l'hémoglobine. On obtient l'mage correspondant à la figure 1.


SUITE SUR HEMOGLOBINE PAR RASTOP ....




HEMOGLOBINE. STRUCTURE PAR RASTOP, SUITE


6. Pour sélectionner certains résidus d'acides aminés (ici, Histidine 92 = résidu His proximal de la chaine), on va saisir his92B dans le menu 'select atom epression (8e.bouton de la troisième rangée). On peut aussi saisir dans la boîte des commandes RasTop 'select his92B' puis 'color black' pour lui affecter une couleur noire. Sélectionner ensuite la visualisation sous 'Ball & Stick'. Réutiliser les commandes pour visualiser le résidu his63 (résidu His distal de la chaîne) et lui affecter la couleur verte (green) dans un format 'Ball & Stick'.
Remarque: Saisir "select his92" selectionnera les 2 chaînes béta. Saisir 'select his' selectionnera toutes les His des 4 chaînes.

Pour éliminer les His des autres chaînes, saisir 'restrict:b' dans la boîte des commandes. On obtient une image correspondant à la figure 2

site actif (rastop)

figure 2

Hémoglobine. Acides aminés hydrophobes
figure 2

Cette interaction peut être représentée autrement en visualisant L'hème sous format 'spacefill' (Fig. 3).

Hémoglobine. Acides aminés autour de l'hème

figure 3

Pour mieux montrer l'environnement hydrophobique, on peut représenter les acides aminés non polaires entourant L'hème sous format spacefill (Fig 4).

hème. Entourage

figure 4


Vidéo sur l'Hémoglobine



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