Les protéines sont constituées d'un enchainement d'acides aminés liés les uns autres par la liaison peptidique (CO-NH). Généralement, on parle de protéine lorsque la chaîne contient plus de 100 acides aminés (environ 10 Kd), sinon on parle de peptides ou polypeptides.

L'ordre dans lequel sont ajouté les acides aminés dans les protéines est déterminé par le génome lors de la transcription du DNA en RNA. Les protéines présentent 3 structures dont la structure primaire (séquence d'acides aminés), la structure secondaire (formation d'hélices alpha et de batonnets béta), la structure tertiaire ou tridimensionnelle et la structure quaternaire (organisation en sous-unités). La structure fonctionnelle des protéines concerne avant tout les structures tertiaire et quaternaire (voir le cas des enzymes).

Plusieurs classifications des acides aminés ont été proposées. Elles peuvent montrer certaines discordances. Ansi, les acides aminés Ser, Thr, Asn et Gln peuvent être classés comme 'Acides aminés sans fonction acide-base' ou 'Acides aminés non chargés'. Cys etTyr peuvent être classés 'Acides aminés non chargés' et 'acides aminés neutres'. His peut être classé avec les acides aminés chargés positivement et faisant partie des acides aminés neutres à pH 7,0 (Voir ionisation des acides aminés, texte Ar)

Acides aminés apolaires protéinogènes

Acides aminés polaires protéinogènes

Acides aminés particuliers des plantes (non protéinogènes)

Trois groupes d'acides aminés peuvent être rencontrés chez les végétaux:
- Acides aminés rentrant dans la composition des ptotéines animales et végétales
- Acides aminés non incorporés dans les protéines mais pouvant jouer un rôle dans certains processus métaboliques. C'est le cas de la citrulline et de l'ornithine qui interviennent dans le cycle de l'urée.
- Acides aminés spécifiques de certaines espèces de plantes. Au nombre dépassant 240, ils peuvent être considérés comme des métabolites secondaires.

Certains dérivés végétaux peuvent être rapprochés des acides aminés. Cest le cas de l'acide anthranilique et l'acide nicotinique qui sont impliqués dans la synthèse des alcaloïdes.

Sans être rattachée aux plantes, la béta-alanine, rentrant dans la structure de plusieurs molécules, comme la carnosine, est un acide aminé non protéinogène.

Comment sont synthétisés les différents acides aminés ?

Détails (Ar) dans Livre + CD 'Sciences Naturelles-Biochimie'