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Structure
tridimensionnelle de l'hémoglobine visualisée par Rastop
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eeeeeeeee-book
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L'hémoglobine est une structure 'alpha 2-béta 2'. Les sous unités sont constituées de chaînes polypeptidiques. Le site actif, comme montré par Rastop, comprend L'hème et deux histidines |
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Pour se focaliser
sur des interactions non-covalentes spécifiques, comme les liaisons
hydrogènes et électrostatiques ainsi que les interactions
hydrophobes, on doit mettre en évidence certains résidus
des acides aminés de la protéines. Pour faciliter ce travail, on isolera une seule sous-unité de la protéine. Dans cet exemple, on étudie une sous-unité béta. Les 4 chaînes polypeptidiques sont notées A, B, C et D. Pour avoir des informations sur la séquence des acides aminés des 4 chaînes, saisissez 'show sequence' dans la boite des commandes de RasMol, puis valider par la touche entrée. La chaîne B est une sous-unité béta. Pour travailler uniquement sur cette chaine, saisissez 'restrict :B' dans la boite des commandes de RasMol, puis valider par la touche entrée. saisir 'select hem' à cette étape, permet de visualiser les 4 hems. Pour visualiser uniquement L'hème de la sous-unité B, saisir select hemB'. On obtient une image identique à la figure 1. |
Figure 1 |
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| 6.
Pour sélectionner certains résidus d'acides aminés
(ici, Histidine 92 = résidu His proximal de la chaine), on va
saisir his92B dans le menu 'select atom epression (8e.bouton de la troisième
rangée). On peut aussi saisir dans la boîte des commandes
RasTop 'select his92B' puis 'color black' pour lui affecter une couleur
noire. Sélectionner ensuite la visualisation sous 'Ball &
Stick'. Réutiliser les commandes pour visualiser le résidu
his63 (résidu His distal de la chaîne) et lui affecter
la couleur verte (green) dans un format 'Ball & Stick'. Remarque: Saisir "select his92" selectionnera les 2 chaînes béta. Saisir 'select his' selectionnera toutes les His des 4 chaînes. Pour éliminer les His des autres chaînes, saisir 'restrict:b' dans la boîte des commandes. On obtient une image correspondant à la figure 2 |
figure 2 |
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| 7/ Pour montrer la relation entre les résidu His et L'hème, il faut visualiser l'atome de fer portée par L'hème. Pour cela, effectuer une rotation de l'image de façon à ce que l'atome de fer soit plus visible parmi les autres molécules. Pointer avec la souris sur l'atome de fer permet d'inscrire dans la boîte des commande RasTop, l'identification "Atom: Fe 4418 Hetero: Hem 147 Chain: B". Le fer est donc identifié comme l'atome N° 4418. Sélectionner l'atome en activant le bouton de selection des atomes (16e. bouton de la deuxième rangéee de la fenêtre). activer la palette des couleurs sur 'atoms' et selectionner la couleur de votre choix (ici bleu). Désactiver ensuite le bouton de sélection en faisant un nouveau clic dessus. Auusi, Le même résultat peut être obtenu en saisissant 'select atomno=4418' dans la boite des commandes de RasTop et lui affecter une couleur bleue (blue) (color blue. L'image obtenue correspond à la figure 3. |
figure 3 |
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| 8/ Pour marquer le nom d'un acide aminé, il faut activer le bouton de marquage (labels) (24e. bouton de la deuxième rangée de la fenêtre) et clique par la souris sur le motif à nommer. Le marquage peut être enlever en effectuant un deuxième clic sur le motif. Après, n'oublier pas de désactiver le bouton de marquage en faisant un nouveau clic dessus. Le même résultat peut être obtenu en saisissantla commande 'set picking label' dans la boîte des commandes RasMol, puis appuyer sur un atome du résidu qu'on désire marquer. En appuyant encore une fois sur le même atom, la marque sera enlevée. Pour désactiver la commande de marquage, saisir 'set picking ident'. L'image obtenue correspond à la figure 4. |
figure 4 |
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| Page 3 : Montrera comment étudier des interactions spécifiques | ||
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