Peptides. Structure tridimensionnelle en JMOL
البيبتيدات. دراسة للبنية الثلاثية البعد
Les peptides ( oligopeptides et polypeptides) et les protéines sont costitués de plusieurs acides aminés liés les uns aux autres par des liaisons peptidiques (CO-NH). La structure JMOL permet de se rendre compte de leur propriétés.
تعد البروتينات (Protéines) جزيئات كبيرة (Macromolécules) و هي عبارة عن سلسلة أو سلاسل من الأحماض الأمينية (Acides aminés) تتواصل بينها بالروابط البيبتيدية (Liaisons peptidiques). غالبا، نتكلم عن البروتين عندما يتجاوز عدد الأحماض الأمينية 50 حمضا. في حالة أقل من هذا الرقم يسمى الجزيئ بيبتيد (Peptide). كل البر وتينات تحتوي عموما على أربعة عناصر كيميائية و هي الكار بون (Carbone, C)، الهيدروجين (Hydrogène, H)، الأوكسيجين (Oxygène, O) و الأزوت (Azote, N). و بعض البروتينات تضم كذلك الكبريت (Soufre, S) أو الفوسفور (Phosphore, P) أو الإثنين. و يمثل عنصر الأزوت 16% من المكونات
بإمكان الأحماض الأمينية أن ترتبط بعضها بالبعض بروابط كيميائية تساهمية تعرف بالروابط البيبتيدية (Liaisons peptidiques, CO-NH) أو روابط أميد (Liaisons amide) و تجمع مجموعة الكربوكسيل فوق الكاربون ألفا (α) من الحمض الأول مع مجموعة الأمين فوق الكاربون α من الحمض الثاني.
--- Protéines et enzymes --- Acides aminés --- Médicaments et drogues ---
Carnosine (Dipeptide béta-Ala-His)
La carnosine (béta-alanyl-L-histidine) est un exemple de dipeptides. Ce peptide spécial est constitué de la béta-alanine (acides aminé non protéinogène) et de l'Histidine (His) liés entre eux par la liaison peptidique (-CO-NH-).
Avertissement: la visualisation des molecules par JMOL nécessite l'installation de java (http://www.java.com) ---
Carnosine. Peptide spécial constitué de deux acides aminés (dipeptide): Béta-Alanine et Histidine. Les atomes d'hydrogènes ne sont pas représentés ici
L'alanine (Ala) est un acide aminé non polaire (apolaire). La béta alanine se disingue par la position du groupement amine sur le carbone béta (carbone 3) au lieu du carbone alpha (carbone 2). His est un acide aminé polaire et essentiel. Les acides aminés peuvent être sélectionnés l'un après l'autre, ainsi que les carbones béta et alpha. La béta-alanine est utilisée par les plantes et les microorganismes dans la synthèse de l'acide pantothénique (vitamine B5), constituant du coenzyme A.
La carnosine, présente dans la viande des mammifère (muscles et cerveau), joue un rôle d'antioxydant conféré par le groupe imidazole de l'histidine. Elle fixe les espèces d'oxygène activées, les cations métalliques (Cu++, en particulier) et les radicaux libres. La carnosine est prescrite contre le viellissement. Ce dipeptide n'est pas digéré complètement, car il contient la béta-alanine (acide aminé anormal avec un groupe NH2 fixé sur le carbone béta (N° 3) au lieu du carbone alpha ou cabone 2). Son taux élevé dans les urines rend compte de l'état de l'alimentation carnée d'origine mammifères.
Il a été décrit qu'un apport complémentaire en béta-Alanine permet de booster la production de la carnosine qui fixerait les protons H+ (effet tampon) générés par l'acidification du muscle ayant subit un exercice intense amenant à la production d'acide lactique (fermentation). la béta-alanine augmenterait donc les performances musculaires !
Aspartame: peptide spécial de deux acides aminés (dipeptide): Asp et Phe estétifiée avec un méthyl
Avertissement: la visualisation des molecules par JMOL nécessite l'installation de java (http://www.java.com) --- Instructions- تعليمات
L'aspartame, découvert en 1965, est un dipeptide spécial, constitué de l'acide aspartique (Asp) et de la Phénylalanine (Phe) estérifié avec un méthyl (du méthanol) sur le groupe hydroxyle (OH) porté par le carbone 1 (celui du carboxyle COOH). Asp est un acide aminé polaire non essentiel. Phe est un acide aminé non polaire et essentiel.
L'aspartame est un édulcorant à goût sucré (pouvoir sucrant environ 200 fois supérieur à celui du saccharose) utilisé comme additif alimentaire. Son utilisation a été critiquée considérant l'effet qu'il pourrait présenter sur la santé humaine.
Localisez la liaison peptidique dans l'aspartame - حدد الرابطة البيبتيدية في الأسبارتام
Peptide
de quatre acides aminés (tétrapeptide):
Lys-Ala-Ile-Thr
Oligopeptide Lys-Ala-Ile-Thr
L'union de deux à une dizaine, environ, d'acides aminés constitue des oligopeprtides. Les peptides contenant entre 30 à 100 acides aminés, environ, sont appelés des polypeptide. plusieurs acides aminés forme un polypeptide. Les protéines sont donc des polypeptides.
L'une des propriétés physiques des peptides et leur état de solides blancs généralement cristalisable et plus ou moins solubles dans l'eau. Leurs point isoélectrique (PI) varient selon la nature des acides aminés qui les composent.
L'une des propriétés chimiques des peptides est la capacité des liaisons peptidiques à former en milieux alcalins, un complexe violet avec les ions cuivriques (réaction de biuret). La réaction de biurée est franchement positive à partir des tétrapeptides (3 liaisons peptidiques CO-NH)
La représentation 'squelette', affiche le peptide sous la forme d'un trait reliant les carbones alpha de chaque acide aminé. Le carbone alpha d'un acide aminé est le carbone 2 en comptant à partir du carbone 1 du carboxyle. Le radical R de l'acide aminé, le groupe carboxyle et amine sont liés au carbone alpha
Polypeptides. Glucagon, hormone hyperglycémiante.
Contrairement à l'insuline (hormone hypoglycémiante), le glucagon est une hormone hyperglycémiante, de nature peptidique.
Etude des liaisons دراسة الروابط
Elle est sécrétée par les cellules alpha des ilôts de Langerhans. Cette hormone a été découverte pour la première fois en 1923 par Kimball et Murlin après des travaux sur des extraits de pancréas. Sa séquence en acides aminés a été déterminée dans les années 1950. Le glucagon est sécrété une fois le niveau du sucre dans le sang diminue.
Affichage إستظهار
Coloration تلوين
- Déterminer le nombre d'acides aminés constituant le glucagon
- Déterminer les acides aminés N-terminal et C-terminal du glucagon
- Déterminer la séquence complète en acides aminés du glucagon
Acides aminés. Structures par JMOL ----- Enzymes par JMOL -- Hémoglobine par JMOL
Instructions pour la visualisation des molécules par JMOL تعليمات الاستعمال:
1. Choisir la molécule que vous voulez visualiser en la selectionnant dans les liens à droites اختر الجزيئ المراد معاينته
2. Effectuer la ROTATION de la molécule en en pointant sur l'image et en maintenant appuyé le côté gauche de la souris tout en la faisant bouger. تحريك-دوران الجزيئ يتم بالضغط مرتين مع استمرار الضغط فوق الصورة مع تحريك الفأرة
3. Effectuer un ZOOM sur la molecule en maintenant enfoncée la touche shift (Î) du clavier et en tirant en avant et en arrière la sourisتقريب و إبعاد الصورة يتم بالضغط المتواصل على زر شيفت يمين لائحة المفاتح مع تحريك الفأرة
4.
Pour avoir plus d'information sur la molécule, faite un clic
droit par votre souris sur l'image et choisir, entre
autres, le
STYLE de visualisation. Ex: style
-->combinaison--->bâtons.
للمعاينة
تحت لوالب ألفا و صفائح بيتا، يجب إتباع
نقر يمين الفأرة و اختيار
-->style-->Combinaison-->Cartoon
5. Lorsque vous cliquez sur un atome de la molécule ses coordonnées (type d'atome, N°,..) s'inscrivent automatiquement sur la barre du bas de la page عند وضع الفأرة فوق درة معينة من الجزيئ يظهر اسمها و رقمها
7. Pour plus d'information sur JMOL, visiter: www.jmol.org
Javascript generated by a java program (Jmol_Web_Page_Maker) on 10 sept. 2007. Original page composed by J. Gutow 7/2006
,