En biochimie, la visualisation des molecules dans l'espace (structure tridimensionnelle) permet de se rapprocher de la conception réelle des molecules. L'utilisation de JMOL permet d'atteindre cet objectif. Le traitement et la prévention des grippes (influenza) A et B nécessite l'utilisation de médicaments antiviraux comme 'Tamiflu' qui est un inhibiteur de la neuraminidase virale, enzyme présente sur la surface du virus et qui attaque les parois des cellules en détachant l'acide sialique de la cellule infectée. Cette étape est nécessaire pour la diffusion de l'infection virale .

Avertissement: la visualisation des molecules nécessite l'installation de java (http://www.java.com). Voir ci dessous
Instructions pour la visualisation 3D des molécules :

L'un des remèdes contre les grippes A (influenza) et B est l'utilisation de médicaments antiviraux comme 'Tamiflu' (oseltamivir) et 'Relenza' (zanamivir). Ce sont des inhibiteurs de la neuraminidase (visualiser en 3D l'enzyme dans le cadre situé en bas), enzyme présente à la surface du virus qui se fixe aux recepteurs membranaires des cellules cibles grâce à son hemagglutinine s'attachant à l'acide sialique (acide N-Acétylneuraminique, NANA) des glycoprotéines membranaires.

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La neuraminisase virale clive la liaison osidique entre l'acide sialique et le sucre voisin (figure). Elle agit en fin de réplication du virus pour libérer ainsi les virus néoformés. Les anti-neuraminidase (inhibiteurs compétitifs vis à vis de l'acide sialique) entrainent l'arrêt du relargage des virions qui s'agrègent à la surface de la cellule hôte par liaison des hemagglutinines aux résidus d'acide sialique non hydrolysés. La dissémination du virus se trouve ainsi limitée.

La neuraminidase est une enzyme, présente à la surface des virus A et B de la grippe, qui détache des glycoconjugués les résidus d'acide N-acétyl neuraminique (acide sialique). Cette hydrolyse, est une étape nécessaire à la diffusion de l'infection virale par libération des particules virales à partir de la surface des cellules infectées en direction de nouvelles cellules-cibles. Dans la molécule 3D ci contre (fichier pdb code 2HT8), la neuraminidase du virus de la grippe aviaire se trouve complexée avec l'inhibiteur oseltamivir (Tamiflu). Pour visualiser ce dernier, il faut le selectionner et lui donner un aperçu différent du reste du complexe: 1/ avec 'souris' clic droit puis <selectionner> => <hétéro> => <ligand>, 2/ avec 'souris' clic droit puis <style> => <combinaison> => <boule et bâton>

Lien: http://www.rcsb.org/pdb/explore/externalReferences.do?structureId=2HT8

La neuraminidase présente 11 acides aminés très conservés. Parmi les acides aminés du site actif on trouve Asp151, Glu 119, Tyr347. Pour étudier le complexe avec Rastop s'entraider par les recommandation sur la page web: http://www.takween.com/StructureProteines/structures_preambule.html .