Enzymes. Structure JMOL

Les enzymes (protéines de catalyse biologique) constituent l'éssentiel de la composante fonctionnelle des être vivants. Leur visualisation 3D par JMOL permet de localiser les structures derrière leurs fonctions

الأنزيمات (إنظيمات، خمائر) مركبات ذات طبيعة بروتينية تتوسط لتسريع التفاعلات الكيميائية. كلمة إنزيم مشتقة من اليونانية (en داخل وzyme خميرة). حتى اليوم،تم اكتشاف آلاف الأنزيمات حيث استخلصت من كائنات حية مختلفة ذات مصادر نباتية وحيوانية وأحياء دقيقة. قدتحتوي خلية حية واحدة على نحو 1000 أنزيم مختلف، يختص كل واحد منها في تسريع تفاعل كيميائي معين .

Structure du site actif de la catécholoxydase, une polyphénoloxydase

catécholoxydase (PPO)

Exercices

1. Combien de feuillets béta et de d'hélices alpha contient la carboxypeptidase ?: Clic droit sur la souris et selectionne 'style' puis 'combinaison' puis 'cartoon' et faire le compte des alpha et beta

2. Visualiser tous les acides aminés acides (polaires chargés - (Asp et Glu) de la carboxypeptidase: d'abord choisir un style de la molécule qui vous permettra de distiguer les AA acides du reste de l'enzyme: clic droit de la souris sur la molécule ---> 'style' --> 'combinaison' --> 'fil de fer'. Ensuite selectionner les AA acides: clic droit sur la souris ---> 'selectionner' --> 'proteine' --> 'résidus acides'.

A cette étape vous ne voyez pas de changement. Pour distinguer les AA acides du reste de la molécule, il faut les visualiser sous une forme différente de celle de la molécule entière: clic droit de la souris sur la molécule ---> 'style' --> 'combinaison' --> 'bâtons'. En pointant la souris sur un élément vous lisez directement en bas de la page le nom de l'AA. Ici ce sont des Asp (acide aspartique) et des Glu (acide glutamique).

Instructions pour la visualisation des molécules par JMOL تعليمات الاستعمال:

1. Choisir la molécule que vous voulez visualiser en la selectionnant dans les liens à droites اختر الجزيئ المراد معاينته

2. Effectuer la ROTATION de la molécule en en pointant sur l'image et en maintenant appuyé le côté gauche de la souris tout en la faisant bouger. تحريك-دوران الجزيئ يتم بالضغط مرتين مع استمرار الضغط فوق الصورة مع تحريك الفأرة

3. Effectuer un ZOOM sur la molecule en maintenant enfoncée la touche shift (Î) du clavier et en tirant en avant et en arrière la sourisتقريب و إبعاد الصورة يتم بالضغط المتواصل على زر شيفت يمين لائحة المفاتح مع تحريك الفأرة

4. Pour avoir plus d'information sur la molécule, faite un clic droit par votre souris sur l'image et choisir, entre autres, le STYLE de visualisation. Ex: style -->combinaison--->bâtons.
للمعاينة تحت لوالب ألفا و صفائح بيتا، يجب إتباع نقر يمين الفأرة و اختيار -->style-->Combinaison-->Cartoon

5. Lorsque vous cliquez sur un atome de la molécule ses coordonnées (type d'atome, N°,..) s'inscrivent automatiquement sur la barre du bas de la page عند وضع الفأرة فوق درة معينة من الجزيئ يظهر اسمها و رقمها

6. Pour savoir plus sur les commandes de visualisation tridimensionnelle des molécules du programme RASMOL s'appliquant aussi sur JMOL: visiter la page: http://www.takween.com/molecules-structure-3D/structures_preambule.html

7. Pour plus d'information sur JMOL, visiter: www.jmol.org

Javascript generated by a java program (Jmol_Web_Page_Maker) on 10 sept. 2007. Original page composed by J. Gutow 7/2006

JMOL, Rastop:معاينة جميع الجزيئات ب -

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Enzymes. Visualisation des structures tridimensionnelles par JMOL أنزيمات. معاينة في البعد الثالث
Les enzymes (protéines de catalyse biologique) constituent l'éssentiel de la composante fonctionnelle des être vivants. Leur visualisation 3D par JMOL permet de localiser les structures derrière leurs fonctions الأنزيمات (إنظيمات، خمائر) مركبات ذات طبيعة بروتينية تتوسط لتسريع التفاعلات الكيميائية. كلمة إنزيم مشتقة من اليونانية (en داخل وzyme خميرة). حتى اليوم،تم اكتشاف آلاف الأنزيمات حيث استخلصت من كائنات حية مختلفة ذات مصادر نباتية وحيوانية وأحياء دقيقة. قدتحتوي خلية حية واحدة على نحو 1000 أنزيم مختلف، يختص كل واحد منها في تسريع تفاعل كيميائي معين . Avertissement: la visualisation des molecules par JMOL nécessite l'installation de java (http://www.java.com). Voir ci dessous --- Instructions-تعليمات		Cinétique des enzymes - Acides aminés. Structures ---- Peptides --- Hémoglobine par JMOL
Exemple 1: Amylase L'amylase est une enzyme digestive qui brise les polysaccharides (saccharidase). Cette enzyme agit sur les sucres à chaînes longues comme l'amidon qui sont coupés en petites unités de maltose (voir visualisation des sucres par JMOL). L'amylase se trouve dans la salive et le suc pancréatique. Elle est synthétisée par les fruits pendant la maturation (ce qui leur donne un goût sucré). Pour son activité l'enzyme exige la présence d'ions Ca++ et Cl-. L'amylase objet de cette étude, provient de l'orge. Elle est montrée sous un état complexé avec un 'faux substrat'; l'acarbose qui est un pseudotetrasaccharide utilisé comme médicament pour traiter le diabète de type 2 (diabète non insulino-dépendant). Pour sélectionner l'acarbose, suivez les opérations: 1/ Clic droit de la souris sur le complexe amylase et visualiser sous batonnets (0%) --> 2/ Selectionner --> 3/ Hetéro --> 4/ Par HETATM --> 5/ AF1, DAF et visualiser sous sphères (100%).. On peut visualiser les atomes de Calcium de la même façon. Affichage إستظهار Coloration تلوين Etude des liaisons دراسة الروابط	Exemple 2. Polyphénoloxydase La polyphénoloxydase (PPO) est une enzyme d'oxydation des phénols en présence de l'oxygène. Elle est caractérisée par la présence de deux chaînes avec un atome de cuivre (Cu++), chacune. Au niveau du site actif, le cuivre de chaque chaîne est coordonné avec 3 histidines. Cette étude concerne l'enzyme compléxée avec un inhibiteur (faux substrat); la thiourée. Voir la structure de la catécholoxydase, une polyphénoloxydase ci dessous Pour sélectionner le le cuivre sur la représentation ci dessous, suivez les opérations: 1/ Clic droit de la souris sur le complexe enzyme-ligand et visualiser sous batonnets (0%) --> 2/ Selectionner --> 3/ Hetéro --> 4/ Par HETATM --> 5/ CU-COPPER (II) ION et visualiser sous sphères (100%). Faire de même pour sélectionner la thiourée avec 5/ URS-N-PHENYL-THIOUREA et visualiser sous sphères (100%). Affichage إستظهار Coloration تلوين Etude des liaisons دراسة الروابط
Structure du site actif de la catécholoxydase, une polyphénoloxydase Exercices 1. Combien de feuillets béta et de d'hélices alpha contient la carboxypeptidase ?: Clic droit sur la souris et selectionne 'style' puis 'combinaison' puis 'cartoon' et faire le compte des alpha et beta 2. Visualiser tous les acides aminés acides (polaires chargés - (Asp et Glu) de la carboxypeptidase: d'abord choisir un style de la molécule qui vous permettra de distiguer les AA acides du reste de l'enzyme: clic droit de la souris sur la molécule ---> 'style' --> 'combinaison' --> 'fil de fer'. Ensuite selectionner les AA acides: clic droit sur la souris ---> 'selectionner' --> 'proteine' --> 'résidus acides'. A cette étape vous ne voyez pas de changement. Pour distinguer les AA acides du reste de la molécule, il faut les visualiser sous une forme différente de celle de la molécule entière: clic droit de la souris sur la molécule ---> 'style' --> 'combinaison' --> 'bâtons'. En pointant la souris sur un élément vous lisez directement en bas de la page le nom de l'AA. Ici ce sont des Asp (acide aspartique) et des Glu (acide glutamique). Instructions pour la visualisation des molécules par JMOL تعليمات الاستعمال: 1. Choisir la molécule que vous voulez visualiser en la selectionnant dans les liens à droites اختر الجزيئ المراد معاينته 2. Effectuer la ROTATION de la molécule en en pointant sur l'image et en maintenant appuyé le côté gauche de la souris tout en la faisant bouger. تحريك-دوران الجزيئ يتم بالضغط مرتين مع استمرار الضغط فوق الصورة مع تحريك الفأرة 3. Effectuer un ZOOM sur la molecule en maintenant enfoncée la touche shift (Î) du clavier et en tirant en avant et en arrière la sourisتقريب و إبعاد الصورة يتم بالضغط المتواصل على زر شيفت يمين لائحة المفاتح مع تحريك الفأرة 4. Pour avoir plus d'information sur la molécule, faite un clic droit par votre souris sur l'image et choisir, entre autres, le STYLE de visualisation. Ex: style -->combinaison--->bâtons. للمعاينة تحت لوالب ألفا و صفائح بيتا، يجب إتباع نقر يمين الفأرة و اختيار -->style-->Combinaison-->Cartoon 5. Lorsque vous cliquez sur un atome de la molécule ses coordonnées (type d'atome, N°,..) s'inscrivent automatiquement sur la barre du bas de la page عند وضع الفأرة فوق درة معينة من الجزيئ يظهر اسمها و رقمها 6. Pour savoir plus sur les commandes de visualisation tridimensionnelle des molécules du programme RASMOL s'appliquant aussi sur JMOL: visiter la page: http://www.takween.com/molecules-structure-3D/structures_preambule.html 7. Pour plus d'information sur JMOL, visiter: www.jmol.org Javascript generated by a java program (Jmol_Web_Page_Maker) on 10 sept. 2007. Original page composed by J. Gutow 7/2006 JMOL, Rastop:معاينة جميع الجزيئات ب -
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