Après décarboxylation du pyruvate en acétate (intervention de la pyruvate déshydrogénase, coenzyme A et NAD+), le cycle de Krebs, se déroulant dans la matrice des mitochondries, permet la destruction de l'acétate (véhiculé sous forme d'acétyl-coA), la production CO2 et production d'une molécule d'ATP et un pouvoir réducteur constitué de 3 molécules de NADH et 1 FADH2. La visualisation 3D par JMOL des molécules (4C-6C) et des enzymes du cycle de Krebs, contribue à la compréhension des phénomènes de production d'énergie dans la cellule.

يتجلى دور حلقة كريبس (في ماتريس الميتوكندري) في خلق جزيئات وسيطة لإنتاج ATP في المراحل اللاحقة من التنفس. المرحلة الأولى لحلقة كريبس تكمن في نقل الأستيل (شكل C2) فوق حمض الأكسالوأستات (Acide oxaloacétique) ذو 4 ذرات من الكاربون ليعطي حمض السيتريك (شكل C6). أما المرحلة الأخيرة، فتنتج من جديد حمض الأكسالوأستات ليتفاعل من جديد مع الأستيل و يبدأ دورة أخرى (أنظر الرسم التالي).

ينتج عن دورة كريبس الهدم الكلي للأستيل المرتبط سابقا بالأستيل كوأنزيمA مع تعويض لحمض الأكسالوأستات الضروري لإعادة دورة جديدة. تتميز كل دورة كريبس بنتيجتين:

- فصم الكاربون و تحرير ثاني أكسيد الكربون CO₂.

- إزالة الهيدروجين عن طريق اختزال المستقبلات و FAD⁺NAD⁺، إذ تصبحا بالتتالي، NADH, H⁺ و FADH₂.

- تخليق جزيئة ATP(أو GTP، عند الحيوانات).

Plus de détails dans le livre 'Sciences naturelles-Biochimie'

Avertissement: la visualisation des molecules par JMOL nécessite l'installation de java (http://www.java.com). Voir ci dessous --- Instructions-تعليمات

Molécules du cycle de Krebs dans les programmes de l'enseignement secondaire

Acétyl-Coenzyme A

L'acétyl-Coenzyme A est la forme Coenzyme A (transporteur de groupes acétyl) à laquelle est fixé l'acétyl qui provient du pyruvate qui se trouve décarboxylé (voir structure ci dessous).

فصم الكربون من حمض البيروفيك

يحدث تفاعل فصم الكربون من حمض البيروفيك داخل الميتوكندري بواسطة أنزيم بيروفات ديهيدروجيناز (Pyruvate déshydrogénase) الموجود بماتريس (Matrice) الميتوكندري وفق التفاعل الغير انعكاسي التالي:

pyruvate déshydrogénase

La béta-alanine, acide aminé non protéinogène, intervient dans la structure du Coenzyme A, car faisant partie de la vitamine B5. La Coenzyme A joue le rôle d'un transporteur de groupement acétyl.

Coenzyme A

Acide citrique

L'acide citrique (acide en C6) intervient dans le cycle de Krebs (= cycle de l'acide citrique). C'est un intermédiaire du métabolisme des organismes aérobies. L'acide citrique est formé au cours du cycle de Krebs, par condensation de l'acétate (transporté par d'acétyl-CoA) et d'oxaloacétate en présence de la citrate synthétase (voir schéma du cycle de Krebs).

La FAD est un cofacteur d'oxydo-réduction (transporteur de protons H+) dérivant de la riboflavine (vitamine B2). Il est associé par une liaison covalente aux enzymes de la classe des oxydo-réductases. FAD est donc un groupement prosthétique.

FAD (Flavine Adénine Dinucléotide)

Il est utilisé comme coenzyme par les flavoprotéines du complexe II de la chaîne respiratoire mitochondriale (Glycérol 3-P déshydrogénase, AcylCoA déshydrogénase, Succinate déshydrogénase).

Cycle de Krebs. Schéma

Cycle de Krebs - molécules. Voir visualisation 3D

Instructions pour la visualisation des molécules par JMOL تعليمات الاستعمال:

1. Choisir la molécule que vous voulez visualiser en la selectionnant dans les liens à droites اختر الجزيئ المراد معاينته

2. Effectuer la ROTATION de la molécule en en pointant sur l'image et en maintenant appuyé le côté gauche de la souris tout en la faisant bouger. تحريك-دوران الجزيئ يتم بالضغط مرتين مع استمرار الضغط فوق الصورة مع تحريك الفأرة

3. Effectuer un ZOOM sur la molecule en maintenant enfoncée la touche shift (Î) du clavier et en tirant en avant et en arrière la sourisتقريب و إبعاد الصورة يتم بالضغط المتواصل على زر شيفت يمين لائحة المفاتح مع تحريك الفأرة

4. Pour avoir plus d'information sur la molécule, faite un clic droit par votre souris sur l'image et choisir, entre autres, le STYLE de visualisation. Ex: style -->combinaison--->bâtons.
للمعاينة تحت لوالب ألفا و صفائح بيتا، يجب إتباع نقر يمين الفأرة و اختيار -->style-->Combinaison-->Cartoon

5. Lorsque vous cliquez sur un atome de la molécule ses coordonnées (type d'atome, N°,..) s'inscrivent automatiquement sur la barre du bas de la page عند وضع الفأرة فوق درة معينة من الجزيئ يظهر اسمها و رقمها

6. Pour savoir plus sur les commandes de visualisation tridimensionnelle des molécules du programme RASMOL s'appliquant aussi sur JMOL: visiter la page: http://www.takween.com/StructureProtéines/structures_Préambule.html

7. Pour plus d'information sur JMOL, visiter: www.jmol.org

JMOL, Rastop:معاينة جميع الجزيئات ب -

Jmol, Rastop

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Cycle de Krebs - molécules. Visualisation 3D