Takween (formation) est dédié à la Biochimie et aux Biotechnologies. Si les biotechnologies classiques (culture des tissus et des cellules,..) n'exigeaient pas de connaissances approfondies en Biochimie et en Biologie moléculaire, les biotechnologies modernes, basées sur le DNA recombiné, nécessitent un acquis préalable en Biochimie des protéines, des enzymes et des acides nucléiques. Bref ceci nécessite une vraie formation et c'est ce que le site Takween espère donner à travers des cours, des exercices, des QCM... couvrant quatre sections; 'CELLULE ET LES MATERIAUX BIOCHIMIQUES DE BASE', 'TECHNIQUES BIOCHIMIQUES', 'PROTEINES. STRUCTURE ET FONCTION' et 'BIOLOGIE MOLECULAIRE'. Des lienspermettent de visiter d'autres sites

VISUALISATION DES ACIDES AMINES EN TANT QUE CONSTITUANTS DES PROTEINES

دراسة في البعد الثالت للأحماض الأمينية كمكونات للبروتينات

Les acides amines constituent les bases des proteines. Leur visualisation 3D à l'aide d'un programme, tel que JMOL, permet de se rendre compte de leur propriétés à travers leurs structures.

Avertissement: la visualisation des molecules nécessite l'installation de java (http://www.java.com). Voir ci dessous

Les acides aminés (AA) peuvent être subdivisés en AA apolaires (9 AA) et en AA polaires (11 AA). Ces derniers peuvent être des Acides amines polaires non chargés (6 AA), Acides amines polaires chargés (-) (appelés aussi AA acides) et des Acides amines polaires chargés (+) (appelés aussi AA basiques). Avant de passer à leur visualisation 3D par JMOL, nous présentons ci contre la formule chimiques et les abréviations de chaqu'un des 20 acides aminés.

Pour rappel, certains AA sont essentiels. Il faut les fournir par un apport alimentaire. Ces AA sont toute la série des AA apolaires, exceptées la Proline et l'Alanine et les AA de la serie des AA polaires basiques. Par exemple, l'Histidine se trouve dans les bananes et les raisins, entre autres. L'Arginine est rencontrée dans l'Arachide, entre autres.

قبل دراسة الأحماض الأمينية في البعد الثالت، يجب التذكير أنها تنقسم  إلى أحماض أمينية غير قطبية و عددها 9 و أحماض أمينية قطبية . تتكون هذه الأخيرة من أحماض أمينية قطبية بدون شحنة كهربائية و ثانية  ذات شحنة كهربائية سالبة و أخرى قطبية  ذات شحنة كهربائية موجبة . 

الأجماض الأمينية الضرورية التي يجب إمداد الجسم بها عن طريق التغذية، تهم بالخصوص الأحماض الغير القطبية و الأحماض القطبية ذات الشحنة الموجبة أي القاعدية 

 Il faut retenir que les propriétés physico-chimiques des protéines sont dictées par leurs compositions en acides aminés. A titre d'exemples les protéines hydrophobes (qui n'aiment pas l'eau) sont riches en acides aminés à caractères hydrophobes (essentiellement les AA apolaires, A, V, L, I, M, F, W, P, G) 

يجب التذكير أن خصائص البروتينات مرتبطة جدا بتشكلة الأحماض الأمينية التي تكونها. مثلا، خاصية نفور الماء مرتبطة بمذى توفر البروتين عن الأحماض الأمينية الغير قطبية ك: A, V, L, I, M, F, W, P, G.

QCM Acides aminés

1. Choisir la molécules que vous voulez visualiser en la selectionnant dans les liens à droites
2. Effectuer la ROTATION de la molécule en en pointant sur l'image et en maintenant appuyé le côté gauche de la souris tout en la faisant bouger.
3. Effectuer un ZOOM sur la molecule en maintenant enfoncée la touche shift (Î) du clavier et en tirant en avant et en arrière la souris
4. Pour avoir plus d'information sur la molécule, faite un clic droit par votre souris sur l'image et choisir, entre autres, le STYLE de visualisation. Ex: style -->combinaison--->bâtons
5. Lorsque vous cliquez sur un atome de la molécule ses coordonnées (type d'atome, N°,..) s'inscrivent automatiquement sur la barre du bas de la page   
6. Pour savoir plus sur les commandes de visualisation tridimensionnelle des molécules du programme RASMOL s'appliquant aussi sur JMOL: visiter la page: http://takween.com/StructureProteines/structures_preambule.html .
7. Pour plus d'information sur JMOL, visiter: www.jmol.or

QUESTIONS:

1. Combien de feuillets béta et de d'hélices alpha contient la carboxypeptidase ?: Clic droit sur la souris et selectionne 'style' puis 'combinaison' puis 'cartoon' et faire le compte des alpha et beta

2. Visualiser tous les acides aminés acides (polaires chargés - (Asp et Glu) de la carboxypeptidase: d'abord choisir un style de la molécule qui vous permettra de distiguer les AA acides du reste de l'enzyme: clic droit de la souris sur la molécule ---> 'style' --> 'combinaison' --> 'fil de fer'. Ensuite selectionner les AA acides: clic droit sur la souris ---> 'selectionner' --> 'protéine' --> 'résidus acides'. Acette étape vous ne voyez pas de changement. Pour distinguer les AA acides du reste de la molécule, il faut les visualiser sous une forme différente de celle de la molécule entière: clic droit de la souris sur la molécule ---> 'style' --> 'combinaison' --> 'bâtons'. En pointant la souris sur un élément vous lisez directement en bas de la page le nom de l'AA. Ici ce sont des Asp (acide aspartique) et des Glu (acide glutamique). Si problème, contacter info@takween.com